电影《水形物语》的主题是对人的终极关怀、对爱的呼唤。詹姆斯·卡梅隆曾这样评价托罗：无畏地面对着生命本身所有的美丽和恐怖，用孩童的好奇心和毫不掩饰的恐惧去看世界。影片讲述了一群社会边缘人的故事。他们虽因生理残疾、性取向差异、种族歧视等因素被人蔑视，但彼此尊重、互相帮助。
    故事发生的时代背景是在美苏冷战、世界局势紧张的1963年。在前一年，加勒比海地区发生了震惊世界的古巴导弹危机。它是由于1959年美国在意大利和土耳其部署了中程弹道导弹引起的，前苏联为了扳回战略劣势，就在古巴部署导弹。这是冷战期间美苏两大国之间最激烈的一次对抗。这次危机虽然仅仅持续了13天，但美苏双方在核按钮旁徘徊，战事一触即发，人类接近毁灭的边缘，的确让人不寒而栗。同时，当时的美国社会还充满种族歧视。影片中出现的偷偷吸烟的众多黑人打工仔、空座的酒吧拒绝为衣着考究的黑人夫妇服务、电视里出现的黑人暴动与警察镇压的画面等，都意味着种族歧视无处不在，无时不在。一个现代的、文明的社会应该具有包容与宽容精神，但当时的美国并非如此。尽管标举自由、民主的价值观，经济发达、社会繁荣，但阴影仍然存在。即使到了21世纪，在世界范围内仍然存在着战争、屠杀、恐怖活动、暴力、敌对与冷漠。世界上最宝贵的是没有隔阂的爱。海明威说：“每个人都不是一座孤岛，与爱自己和自己所爱的人互相关爱和铭记，便赋予了人生温度和生命力。”面对这样的历史与现实，托罗通过这段人兽相恋的故事表达人们对爱的吁求，无疑是有很大意义的。托罗说：当你拍电影的时候，你总会想着填补某种情感上的需求。我需要去拍这样一部电影，它能让我继续活在这个世界。我感觉这个世界处处充满着恶意和不信任，不问缘由就能讨厌、憎恶、嫉恨每个人，把别人想象成恶魔，我想要扭转这种情况。我想要拍一部电影，好比一首歌，赞叹爱情和电影的伟大，治愈这个世界。令人欣喜的是，托罗通过这部影片对自己的价值追求作了充分的表达。
    更值得赞许的是托罗在这部影片中表现出的艺术独创性。水是该片的重要意象。《鸟人》《荒野猎人》等片的导演冈萨雷斯·伊纳说：“无处不在的水，是这部电影的起点和终点。水的美态和张力，自然地在每一场戏、每一个镜头中流动。在这世上，只能被一个人拍出来”。直截了当地说，全世界电影导演不计其数，但能创造出《水形物语》、诠释水的灵魂的导演只有托罗一个。老子《道德经》有言：“上善若水。水善利万物而不争，处众人之所恶，故几于道。居善地，心善渊，与善仁，言善信，正善治，事善能，动善时。”意思是说：至善的品行像水一样。水滋润万物而不与万物相争,停留在众人都不待见的地方，所以最接近于“道”。安居自己应处的地位，心像深潭一样清澈平静，与人交往心存友善，言必有信，忠于职守，做力所能及的事，行动把握时机。不管导演托罗有没有学过老子的《道德经》，但《水形物语》讲述的故事及女主角艾丽萨与人友善、乐于助人的秉性与大智大勇、处事果断的行为特征，都很贴近老子关于水的哲学。水的形状就是爱的形状，因为水和爱有着共同的属性：最具有柔性、最具有韧劲、也最具有力量。而影片最后，艾丽萨和鱼人相拥沉入水中，艾丽萨在水中复活，从中感受到爱情、生命、自由的欢乐，爱如潮水，潮水如爱，两者已浑然不能分开。
    托罗说过：大部分人会做自己会飞的梦，我会做在水下游泳的梦。我沉下去，意识到我在水里呼吸，然后我说，“啊，原来我已经在这游了很久了。”我们都寄望在天空翱翔，而托罗却希望与水相拥。可以说，《水形物语》包含了导演热爱的一切元素：怪物、怀旧、奇幻、黑暗童话等等，最重要的是，影片还描写了托罗从没涉猎的领域——水。从他的创作追求而言，这无疑是他最极致的一次释放。