蒂姆·波顿虽拥有和孩童一样天马行空的想象力，但假如把《佩小姐的奇幻城堡》单纯看作一部儿童奇幻片，显然辜负了他的一片苦心。身怀特技的小孩在战乱年代不光要躲避炮火袭击，也要提防来自现实世界普通人的排斥，还有邪恶力量的杀戮。那些脑洞大开的特异功能固然让人惊叹，但孩子们的命运显然更值得同情——仅仅因为和别人不一样，就得提心吊胆地与世隔绝。电影在这方面的思考达到了一个前所未有的高度。
    奇幻城堡的背景设定在1943年的威尔士，显然是有深意的。在故事里，那一年的9月3日，“二战”期间，意大利投降，德国纳粹空袭威尔士，炮弹刚好落在了佩小姐的城堡。城堡里的“怪”孩子们既不能和外面的世界接触，又不想被炮弹炸死，便只能借助佩小姐控制时间的特异功能，让城堡里的岁月永远在这一天循环。每当炮弹爆炸前一秒，他们就得全体集合，重新把时间拨回24小时之前。这群小孩，隐喻的就是“二战”中真实的受难者，追击孩子们、以眼球为食的哈罗，显然就是指纳粹。
    这一点，在同名小说原著中也有体现，男主角杰克的爷爷本为波兰人，是他们家里唯一一个在“二战”前逃离波兰的幸存者，而他的家人则全部在战争中死去。当影片后半部分孩子们被迫离开城堡，开始四处逃难时，小岛上迷雾重重、阴云密布的景象正是他们悲惨命运的写照，片尾在海洋中航行时，也给人一种漂泊无依的感觉。
    除了反战主题，该片对怪异角色的关注，也符合蒂姆·波顿一向的创作思路。他作品里的主人公，往往都是气质孤独、不太讨人喜欢的怪异角色，比如《剪刀手爱德华》里拥有两把剪刀手的机器人，《科学怪狗》里科学天赋十足但略带自闭倾向的小男孩维克多，还有《爱丽丝梦游仙境》里貌似残暴、实则坦率勇敢的红皇后。这种关注边缘化人群的自觉，源自波顿本人不太快乐的经历。幼年时，他的房间被父母莫名其妙地钉上了许多木板，只剩下两条细缝让他看外面的世界。
    佩小姐的城堡里，住的恰恰都是一群“怪”孩子。他们不能跟外界打交道，因为普通人无法接受他们的这些特异功能。但事实上，这些孩子并没有做错什么，发动战争的是普通人，展开杀戮的，是那些心怀邪念的大人。佩小姐和杰克拼尽全力保护孩子，其实质是在保留最纯真最自然的童年。出于商业考量，影片有一个光明温暖的结局，但环顾一下四周就会发现，不论是从前，还是现在，对童真的伤害、对“与众不同”的不接纳依旧是这个世界的常态。从这个意义上讲，波顿是悲天悯人的大师。